Anni von Gottberg war in Potsdam maßgeblich an der Opposition gegen die nationalsozialistische Gleichschaltung der evangelischen Kirche beteiligt. Sie engagierte sich in der Friedens-Erlösergemeinde und lud im August 1934 bekenntnistreue Mitglieder in ihre Wohnung ein. Damit initiierte sie maßgeblich die Sammlung der hiesigen Bekennenden Kirche. 1935 wurde sie als einzige Frau in den Brandenburgischen Provinzialbruderrat gewählt.
Für die Potsdamer sei sie das rote Tuch, schrieb Anni von Gottberg 1935 an Albrecht Schönherr, dem späteren Bischof der Evangelischen Kirche von Berlin-Brandenburg, und beschrieb damit ihre Stellung innerhalb der Bekennenden Kirche. Dieser Satz ist zugleich kennzeichnend für ihren Charakter. Anni von Gottberg war unbequem und unerschütterlich in ihrem – so sie selbst – von Gott geleiteten Weg. Sie mochte keine Kompromisse und forderte von sich und anderen eine klare Haltung.
Dies führte auch zu Differenzen mit Gleichgesinnten.